二十一世纪是实现我国农业现代化的关键历史阶段，现代化的农业应该是高效的生态农业。

我国在工业化、城市化高速推进的同时，农村环境污染问题凸显出来。农村环境问题主要有面源污染、点源污染和农村生态环境的破坏三大类。

人是农业生态系统的核心。人类不仅是农业生态系统的组成部分，而且是系统的主要调控者。人类应该处理好人、生物、与环境的关系，建立起合理、高效、稳定的农业生态体系，取得良好的经济效益、社会效益和生态效益。

生态学是研究生物与环境之间相互关系的科学。从与环境的关系出发，以个体至生物圈各层次为对象是现代生态学的主要内容。生态农业从以下五个层次安排和设计。

一、环境与生物的关系

环境资源对生物的分布与生长起着限制和制约作用，同时，生物也通过其形态、生理和生化机制不断适应环境的变化。

首先，环境对生物有制约作用，倡导资源节约型农业。一是对资源使用进行制度约束，如我国实行的土地、草原和林地家庭承包经营体制改革。二是对农作物生产所缺营养物质进行补齐，如我国推广的测土配方施肥和配合饲料技术。

其次，生物会逐渐适应自然环境。同种生物的不同个体，长期生长在不同环境中会发生变异。根据农作物对环境的适应原理，农业部在“十五”期间编制了作物优势生产区的规划，为全国作物生产布局提供了依据。

再次，生物也会影响自然环境。生物对环境有利的影响很多，如森林可以涵养水源，净化空气。农业上的作物生产有防风固沙的作用，如甘肃省双垄全膜玉米栽培对防治沙尘暴有一定作用。

二、种群结构与种群关系

在生态系统中，种群是物种存在的基本形式，不同种群间有不同的相互作用，即互不影响，竞争和互利共生。人类利用生物种群间相互关系原理设计并推行了多种类型的立体农业模式，如同一作物不同品种间作套种，不同物种的共养模式，例如蔗田种菇，鱼类分层放养等等。