党的十八大报告明确提出：“要健全基层党组织领导的充满活力的基层群众自治机制，以扩大有序参与、推进信息公开、加强议事协商、强化权力监督为重点，拓宽范围和途径，丰富内容和形式，保障人民享有更多更切实的民主权利。”这充分表明村民自治制度是发展社会主义民主政治的题中之义，在国家政治和社会生活中占据重要位置。

上世纪80年代初期，由农村经济体制转轨所带来的村级公共权力的缺位、农村经济社会发展导致的社会分化，以及农村社会公共生活领域的拓展成为了村民自治制度发展的原动力，自上世纪90年代中期以来，以村民自治为核心的农村民主自治建设在全国范围内取得了令世人瞩目的成绩。村民自治是推进社会主义民主政治、建设社会主义政治文明的组成部分和有益尝试，从宏观上看，乡村的治理明显好转，农村社会相对稳定，农民参政意识和民主意识得到增强，农村发展日新月异；从微观上看，村民组织化程度提高，村务公开制度初见成效，村庄的生活秩序明显好转，基层矛盾得以解决。由于农村民主监督机制不健全等原因，导致村民自治在运行中出现诸多问题。首先村委会和乡政府的关系模糊。乡政府对村委会的工作是指导、建议和监督，但实际中，村委会变成了“村政府”，成为乡政府直接管理的机构，村委会的资金保障取决于乡政府，村干部的晋升也有赖于乡政府。其次是村民自治的实践困境。这里的实践具体指村民选举和村务公开两个方面。一方面，由于乡土社会中的小农意识强烈，家族势力操纵使村民选举流于形式从而失去应有的功能，在村民选举中会出现拉派的现象，阻碍了村民选举的公开性和公平性，影响村委会决策的民主性和科学性，干扰了村民对村务监督的严肃性；另一方面，村务公开的透明度和自觉度不够。一些村务公开栏对群众关心的事公开不够，避重就轻，长期得不到更新，经常是“白板”一个，临到上级检查时才公开。再次是村民自治的“差序格局”困境，表现在传统礼教文化对现代法治文化的消解。在乡土社会中，维护社会秩序的是礼教，它确定了中国的等级秩序和差序格局。

理顺乡村、“两委”的关系。首先是理顺乡村的关系，严格规定乡政府的指导权限，具体在哪些方面对村委会的指导要详细的界定。合理划分乡政管理和村民自治之间的权限，要明确政务和村务的范围界限，形成法人对法人的契约性关系，促成乡政管理和村民自治的有机连接。其次是理顺“两委”关系。明确党支部的领导核心作用和具体的领导内容，明确其自身的责权，有策略地领导村委会开展工作，同时加强支部自身修养，提高业务水平和领导方法。考虑将村委会中的成员发展成为党员，加强党员的思想政治教育，保持党员的先进性和模范带头作用，在具体的村庄可以考虑村支书和村主任由一人兼任。

提高村民的组织化程度和民主意识。村民自治是一种草根民主也是一种社会民主或微观民主，因此在村民自治过程中应该打破整体的权力结构，将其细分和微观化，让全体村民参与其中，将村民身边的事情交由村民自我管理，以此形成人人真正参与管理和发展的局面，从而形成整体的民主建设。同时，注重村中的宗族和村民自发组织的影响。在乡土社会中，礼制、长老统治和“差序格局”的隐形作用不可忽视，给予其相应的政策支持，设法提高这些组织或团体在村务管理和自治制度建设中的积极性。把礼制和法制有机地结合起来，把不适合于乡村的法律法规进行修正和完善。

重视发展农村文化教育事业。从长远来看，文化教育是村民自治的根本。如果不能对其进行先进文化的筹谋和设计，使之受到强有力的感染和熏陶，不能较快地将其素养提升，并营造出崭新的社会主义新农村的文化氛围，村民自治将受到巨大影响。村民自治不是村民任意的作为，他是村民表达自身权利和村庄治理的过程，一个有知识有文化的自治团体或个人才能真正做到决策的科学性和民主性，才可以在复杂的乡村建设中有所作为，才可体现出民主政治。