二、现有支农资金专项转移支付制度存在明显的体制性缺陷
    温家宝在《关于当前农业和农村工作的几个问题》中说，“我国在总体上已经进入以工补农、以城带乡的发展阶段，我们必须适应经济社会发展新阶段的要求，实行工业反哺农业，城市支持农村的方针”。可以断定，国家对农业地区的财政转移支付资金将会不断增多。目前，国家支农资金投入大致分为三种模式：一是拨给农村基层政府专项用于解决农村教育、计划生育、五保户供养、村干部补助等，以弥补农村统筹提留取消所造成缺口。二是发放到农户的各种直补，如按耕种面积发放的早稻直补和中晚稻直补，以及良种补贴。由于南方水稻地区人平耕地面积少，大多数地方人平不足一亩，所以实到农户的补贴额绝对数不大，并不能给农民解决多大实际问题，而且发放成本高。三是以专项补助名义发放的专项转移支付资金，比如公益林补助资金，退耕还林资金，农村能源建设等几十个项目。这些资金都是由各级政府的相关部门掌握使用，由各职能部门制订立项要求、资金使用规程和检查验收标准。
    财政部一位官员讲，这种专项转移支付资金由各部门掌握的制度，使财政职能被肢解。我认为不仅如此，财政支农资金由部门分别掌握还存在另外几个问题：
    一是专项转移支付资金并不能很好地满足群众的需要。
    由于掌握资金的部门与群众的需求不一致，群众迫切需要解决的问题往往得不到解决，项目部门要搞一些形式的东西，群众又认为它没有什么实用价值。但说了算的是掌握资金的部门，这就导致资金的使用效益是很低的。比如，国土部门的土地整理项目，往往一个村集中投入几百万、几千万元，群众说，这样的项目搞不搞无所谓，投入这么多钱纯粹是浪费，其实只要投入几十万元给我们把路修一下，水渠搞一下就行了。
    又比如，现有乡镇公路沙改油和通村公路改造工程的财政投入方式就很不科学。除了地方配套额过多加重了群众负担以外，而且一律化的通村补助方式使通村公路改造无法科学规划。一般而言，乡镇内的公路网为长滕结瓜的方式，滕就是干线，瓜就是支线，干线和支线的车流量及受益人口及路面宽度都是不一样的。但由于缺乏统一的规划和各村的有效合作，不少的乡级干线公路改造时各村自作主张，被村里修成了只有3米宽或3.5米的村级公路，无法会车，甚至修成了断头路。这样的财政投入效率是令人怀疑的，原因在于中央和省里有关部门制订的投资政策不切合农村实际，而又摆脱了乡镇政府，使偏差不能得到纠正。
    二是专项转移支付资金使用透明度低，腐败现象严重。
    正因为这些专项补助资金使用是挑选合适的“点”，而不是普惠制的“面”，而且这种“点”受益的范围很窄，这就使这种“点”的确定缺乏可比性，使主管项目的部门可以自由地、毫无约束地安排项目资金，这就为地方到上级直至中央各部跑项目跑资金提供了广阔的空间，民间称之为“跑步（部）进钱”。这种腐败是公认的，很多地方纪委和检察院也对跑项目的支出给予默认。因为如果某地对跑项目的非法支出认真查处的话，上级主管项目的各部门将把该地区视为高危区，自觉地采取绞杀措施，以各种堂而皇之的理由明显减少投入该地区的项目资金，使整个地区吃亏。这就促使各地出台鼓励和保护向上级跑项目和跑资金的措施。部门腐败的自我保护机制就是这样发挥作用的。
    正因为争取项目过程中往往存在非法交易，资金使用过程中自然无法避免克扣、挪用专项资金和弄虚作假套取专项资金的情况。且不说经办机关的经费缺口需要补充，也不说经办人员有贪欲难于满足，单是在争取项目过程中的支出就必然要在项目资金中提取，民间称之为“羊毛出在羊身上”。李金华说，各地驻京办的主要任务是“跑步（部）前（钱）进”，腐败问题严重。但只要国家资金由中央及各部支配的财政制度没变，“跑部进钱”便会愈演愈烈。
    综上所述，国家支农资金的专项转移支付制度再科学，再完备，监督再严密，也是无法及时满足各地农村和农民多元化的公共需求的。同时，专项转移支付资金由于分配制度上的缺陷，也是无法做到公正、公平、合理配置的。