一是养殖业集约化程度越来越高，由于畜禽粪便等废弃物资源化利用率较低，污染排放呈上升趋势。近几年我国畜禽养殖总量不断增加，2013年全国生猪出栏超过7亿。同时，规模化集约化快速发展，生猪年出栏500头以上的规模养殖比例达到40.8%。与此同时，养殖废弃物处理设施建设却相对滞后，大量畜禽粪便难以及时处理和利用，使得畜禽养殖废弃物由传统农家肥变成了污染物。此外，我国的水产养殖规模也在迅速扩大，1978年水产品总量为465.4万吨，其中人工养殖占26.1%，2013年水产品总量达到6172万吨，人工养殖占到73.6%，水产养殖中大量饵料、鱼药投放造成水环境污染。
　　二是主要粮食作物化肥用量基本合理，蔬菜和瓜果等经济作物过量施用现象比较突出，总体上化肥消费增长率在下降，但化肥投入量仍然偏大。2013年我国化肥使用量为5912万吨，占世界的35%，按照20.3亿亩耕地计算，平均单位面积化肥施用量达436.8公斤/公顷，还远高于世界平均水平。值得指出的是，目前我国主要粮食作物氮肥平均使用量约为212公斤/公顷，已经低于环境安全上限（发达国家为防止水体污染所设置的安全上限值为225公斤/公顷），但果树555公斤/公顷、蔬菜365公斤/公顷的氮肥平均用量还远高于环境安全要求，果园和设施蔬菜化肥过量施用现象还较为突出。
　　三是单位面积农药使用量高于世界平均水平，但低于美国等发达国家。总体使用量趋于稳定，但利用率偏低。近年来，我国农药使用量稳定在32万吨（有效成分）左右，占世界农药总用量的1/7，比例高于我国土地面积占世界耕地面积的比例，这与我国土地复种指数高有关系。总体来看，我国单位面积农药使用量高于世界平均水平，但低于美国、以色列、日本等发达国家。另一方面，当前我国农药利用率偏低，仅为35%，残留农药经过降水、地表径流和土壤渗滤进入水体中，会导致土壤和水环境质量的恶化，破坏生态、影响生物多样性。
　　四是地膜回收率较低，破旧农膜残留问题仍有待破解。我国地膜使用总量和作物覆盖面积均高居世界第一。2013年，全国农膜用量为249.3万吨，由于超薄地膜的大量使用以及残膜回收再利用技术、机制欠缺，“白色革命”逐步演变为“白色污染”，农田地膜残留污染问题日益突出。地膜残留危害严重，影响土壤结构，降低耕地质量；影响出苗，造成减产；影响农机作业，造成播种和施肥质量下降；牲畜误食不断发生，危害牲畜健康。
　　五是农作物秸秆综合利用率偏低，循环利用能力亟待提升。农作物秸秆是用途丰富的农业资源。据推算，2013年全国秸秆总产量及其可收集利用量分别为9.64亿吨和8.19亿吨，实际利用量约6.22亿吨，综合利用率仅为76%。随着农用能源结构的变化，农作物秸秆在生活用能源中所占比例愈来愈少，多余秸秆的出路，一是就地焚烧，造成空气污染，降低大气能见度，妨碍交通，危害人体健康；二是弃之田沟或堆入河沟或湖中，经风化、雨淋与腐烂，秸秆中的有机物进入水体造成污染。
　　总的来讲，随着我国农业集约化程度不断提高和养殖业的迅速发展，化肥、农药等农业投入品过量使用及畜禽粪便、农作物秸秆和农田残膜等农业废弃物不合理处置导致的农业面源污染问题日益突出，严重制约农业和农村经济可持续发展。因此，加强农业面源污染治理是确保农产品产地安全、实现我国粮食安全和农产品质量安全的现实需要，是改善农业生态环境、加快转变农业发展方式、实现农业可持续发展的内在需要。必须要科学把握农业面源污染日益严重的形势，深刻认识到加强农业面源污染治理的重大意义，切实增强工作的紧迫感和责任感，