三、创新农业合作经营制度
　　农业合作经营制度的创新是构建新型农业经营体系的关键。这种创新，不仅应与国际相接轨，而且要从中国具体国情出发。
　　从与国际接轨的角度看，目前合作组织的数量是够了，现在是质量问题。重点是在农业合作组织的联合发展、合作社的股份化和行业组织建构，新一代合作(股份合作)组织模式在我国的应用与发展，农业合作组织在融资、保险、抵押等方面的功能拓展，农业合作组织治理结构的改善等方面寻求突破和创新。
　　从与国情结合的角度，重点是在专业合作组织与村社区合作经济组织的相互融合，专业服务型合作组织和农业综合型合作组织的发展，农业供销合作与农业信用合作回归“三农”的改革，土地制度改革与土地股份合作制的发展，农民合作组织与农民组织(农协)的关系，农民合作组织政策与法律环境的改善等方面寻求突破和创新。要科学辨析当前所出现的各种股份合作农场或股份合作社，避免政府扶持政策和法律在这方面的偏差和误判。
　　四、创新农业双层经营制度
　　首先，要建立和完善农民专业合作组织与农民(社员)统分结合的农业新型双层经营制度。比起传统的村社区合作经济组织，农民专业合作社与社员的双层经营制度具有更大的发展潜力与空间，能突破村社区合作经济组织的区域空间局限，实现跨地区发展，进而更好实现服务的专业化分工与规模化效率。同时，仍要发挥龙头企业、政府部门在服务农民，尤其是技术服务、营销服务等方面的作用。
　　其次，农业双层经营制度的创新还应体现在双层中“统”的功能的增强与延伸。如赋予合作社融资、保险、抵押等功能；建立“三位一体”的服务平台，即以合作组织为载体，以农技合作、供销合作、信用合作为平台；促进合作社的联盟化发展；在合作社联盟基础上建立真正有效的农业行业组织(协会)。