处理好不同股份之间的关系。在农村集体产权股份合作制改革的过程中，为了保障各方的利益、调动相关方面的积极性，通常会在实际操作中发行集体股、岗位股和村民股三种股份形式。前两种类型的股份一般存在于集体企业改制的初始和过渡阶段，其比例的确定应通过村民集体投票决定；对于集体股和岗位股应当逐步退出，以防止影响后来管理者的积极性。但在此过程中，应当注意方式和方法，比如在取消集体股之前，可以预先提取统筹基金，并在改革后适当提取一定比例用于公共开支；在取消岗位股之后，则应该适当提高经营者的收入以调动他们的积极性。
　　处理好速度与效益的关系。一旦农村集体产权股份合作制改革在全国推广之后，必然会形成各地相互竞争改革速度的问题，这虽然保证了执行力，但也给改革的效益埋下了隐患。应当认识到，农村集体产权股份合作制改革是一项系统性工程，这其中涉及资产清查核算、资产评估量化和产权界定等诸多敏感环节，在此过程中，必须要做到公开、公正和公平，既要保证改革进行的速度，也要保证在改革过程中兼顾各方利益，特别是要维护广大基层农民的利益，这也是壮大集体经济的基本保障。
　　除此之外，我们还需解决改革进程中可能面临的一系列问题。比如，对于改革形式的选择问题，需要综合考虑某一地区的城镇化的程度、土地数量规模、集体经济实力和各地经济发展水平等；对于集体土地资产的处置，则需根据土地资产能否量化提供不同的方案。此外，在集体资产家底的核算问题、成员资格和农龄的界定问题方面，均需作出妥善安排。