为了减轻农民的疾病经济负担，缓解农民“因病致贫、因病返贫”的问题，2002年10月，《中共中央国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》明确提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度，到2010年，这一制度要基本覆盖农村居民。
　　新农合制度建设从2003年开始，经过了试点和全面推进阶段，新农合参加人数和筹资总额已达一定规模，政策逐步完善，制度运行平稳，农民切实受益，提前两年实现了中央提出的“新农合制度基本覆盖农村居民”的目标。
　　工作目标：
　　2009年要确保全国人均筹资标准达到100元，力争到2010年人均筹资标准达到150元，逐步建立起随着经济发展和农民收入增长逐步提高的新农合筹资机制。确保当年统筹基金结余不超过筹资总额的15%，累计结余不超过筹资总额的25%。
　　补贴标准：
　　从2008年开始，各级财政对参合农民的补助标准提高到每人每年80元，其中中央财政对中西部地区参合农民按40元给予补助，并对东部省份按照一定比例给予补助，计划单列市和农业人口低于50%的市辖区也全部纳入中央财政补助范围。
　　地方财政也要相应提高补助标准，确有困难的地区可分两年到位。地方增加的资金，应以省级财政承担为主，尽量减少困难县（市、区）的负担。
　　配套项目：
　　新型农村合作医疗管理能力建设项目
　　项目介绍：2009年1月10日，卫生部办公厅印发《关于做好新型农村合作医疗管理能力建设项目有关工作的通知》，具体内容包括开展中西部地区新农合工作人员培训，支持中西部地区县级新农合数据中心建设，在部分县（市、区）设立新农合监测点等。
　　项目范围：人员培训包括中西部地区22个省（区、市）所有开展新农合的县（市、区）。县级新农合数据中心建设，按照3年规划，每年按中西部22个省（区、市）行政区划县（市、区）总数的1/3安排资金。首批新农合监测点在吉林、浙江、湖北、云南和青海5省设立。
　　项目补贴：
　　●县级新农合数据中心建设。项目为中部地区每县（市、区）补助15万元，为西部地区每县（市、区）补助20万元。
　　●新农合监测点建设。拟在吉林、浙江、湖北、云南、青海5个省各选取两个县（市、区）作为新农合监测点。具体名单将由卫生部农卫司和5省卫生厅共同协商确定。项目为每个新农合监测点补助18万元，其中建设费用8万元，当年运行和维护费用10万元，由省级卫生行政部门根据监测点实施进展和实际需要拨付。
　　地方举措：
　　北京：新农合报销“零起付”
　　从2009年起，北京市参加新农合的农民将享受到更多优惠政策，在乡镇卫生院看病不仅能享受“零起付”报销，还能通过网络直报系统实现门诊随诊随报、住院费出院即报，报销时间只需10分钟。
    青海：全面实行医药费用垫付直报制
    从2009年3月开始，青海全省各级新农合定点医疗机构全面实行医药费用垫付直报工作。届时，参合农牧民医药费用垫付直报范围将覆盖省、州（地、市）、县、乡、村五级定点医疗机构，全面实现就诊、报销“一站式”服务，参合农牧民出院当天就可报销医药费用。
　　湖南：参合农民可报门诊费用
　　从2009年1月开始，湖南省将在14个市州全面试点新农合普通门诊统筹补偿，湖南参合农民将可报门诊费用。以乡镇卫生院、合格村卫生室和社区卫生服务机构为主要定点医疗机构，实行“即付即补”。
　　山东：参合农民基层住院可报销60%
　　鼓励病人到基层医疗机构就诊，山东省决定，从2009年起，新农合参合农民到一级定点医院住院，报销比例确定为60%，不实行分段补偿。
　　江西：新农合补助封顶线由二万元提高到三万元
　　从2009年开始，江西省新农合补助封顶线由2万元提高至3万元，参合农民在乡、县两级定点医疗机构住院的起付线分别为100元和300元。
　　相关言论：
　　安徽省卫生厅副厅长徐恒秋：要让更多的农民受益，关键是新农合经办机构、定点医院要真正履行自己的职责，管好、用好新农合经费。在新农合实施过程中，一些医疗机构出现不规范行为。如过度检查、过度治疗现象比较普遍，目录外用药控制薄弱，尤其是一些大医院，开出的处方中很多药品溢出目录范围，这些都需要在以后要加强监管。有的新农合经办机构借助实行定点医院协议管理的机会，搞“权力寻租”，向定点医院要钱要物，这也是不能允许的。
　　四川大学华西公共卫生学院教授毛正中：新型农村合作医疗的筹资水平5年之中翻两番，这种增长势头令人兴奋。但是，这种增加还带有明显的人治痕迹，稳定的筹资增长机制尚未建立起来。缺少了这一点，作为一种保障制度的保障功能就无法稳定地得以发挥。因此，根据医疗费用、政府财政收入、农民收入的增长等因素，建立起新型农村合作医疗筹资增长的模式是一项亟待完成的工作。
　　安徽医大一附院副院长颜雨春：由于合作医疗管理仍处于初创阶段，医院在接诊时常遇到一些困难。如各地的就诊卡不统一，给医院识别病人身份造成困难；1557种目录用药目前只招标了907种，烧伤、感染、呼吸、血液等科室反映，目前的目录不能满足三甲医院的治疗需要。到省级医院就医的新农合患者以重症病人居多，按临床使用目录外药品不超过25％的规定用药很难满足治疗需要。目录应该适应临床治疗的需要，不能只有一个标准毕竟三甲医院和乡镇卫生院的用药是不同的。