为加强农产品现代流通体系建设，提高我国农产品国际竞争力，2006年2月13日，商务部印发《关于关于实施“双百市场工程”的通知》，决定从2006年起在全国实施“双百市场工程”，力争用三年时间，完成全国一半左右（约2000家）农产品批发市场升级改造，全国约300家大型农产品流通企业经超市销售农产品的比例达到30%以上。
　　为加快“双百市场工程”建设，商务部先后在河南商丘、湖南常德和广东东莞召开了3次现场会。为搞好产销衔接，2007年6月，与江苏省人民政府联合在南京举办了首届全国农村商品对接会、“双百市场工程”政策信息发布会和北京、江苏、山东、西藏四省市特色农产品推介会。
　　总体目标：
　　2009年在重点销区和产区再新建和改造200家农产品批发市场和400家农贸市场，到2010年分别为500家和1000家，提高农产品的集散辐射能力，解决农产品卖难，稳定和增加农民收入，扎实开展“农超对接”工作。在农产品生产地建设鲜活农产品直采基地，到2010年支持500个农超对接项目。在1000个县建立15万个信息服务点，培育农村电子商务市场，提高农产品流通信息化水平。
　　补助资金：
　　对批发市场冷链、消费安全等项目，以及农产品流通企业冷链系统等准公益性设施建设或改造项目的补助不超过实际投资的70%。
　　对批发市场的交易、仓储等经营设施，以及流通企业配送中心建设或改造项目所取得的金融机构中长期固定资产贷款，予以1年期贷款利息补助（不超过1年期银行基准贷款利率）。
　　官员解读：
　　商务部副部长姜增伟：搞活流通是保障供应、改善民生的重要手段。改善农产品流通，满足城乡居民生活和服务消费仍是当前经济和社会发展的重要课题之一。特别是加快农村流通网络建设，有利于促进农产品生产流通和农民增收，增强农民消费能力，缩小城乡消费差距，促进社会和谐发展。今年要进一步完善城乡市场信息服务体系，将矿产品、建筑材料、大型连锁零售餐饮企业、大型专业批发市场、“万村千乡”龙头企业、“双百市场工程”企业纳入监测范围。
　　地方目标：
　　河南：在全省选择5家大型农产品(10.03，0.00，0.00%)批发市场和5家大型农产品流通企业，力争纳入国家“双百市场工程”项目的支持范围。从2009年起，省财政每年支持20家农产品批发市场升级改造和10家农产品流通企业冷链建设项目，力争用3年时间完成全省70家重点农产品批发市场升级改造和30家农产品流通企业冷链物流配送体系建设任务。
　　山东：支持大型连锁超市、农产品流通企业与农民专业合作组织联合，建立农产品直接采购基地。建设鲜活农产品从生产基地到超市的冷链系统、物流配送系统和快速检测系统。健全农产品市场信息服务体系，强化信息引导和产销衔接。完善鲜活农产品运输绿色通道政策，降低农产品流通成本。2011年前，重点抓好50个大型农产品批发市场的标准化改造，扶持发展30个农产品冷链物流项目。
　　贵州：将推荐一批辐射面广、带动能力强的农产品批发市场和农产品流通企业申报国家“双百市场工程”项目。在2011年前，全省将重点推进一批农产品批发市场升级改造，一批产地批发市场和专业市场建设，一批集贸市场标准化改造。
　　陕西：通过新建和改造，力争到2012年在全省建100个农产品批发市场，培育100家农产品流通企业，在每个县建设一个公益性农产品冷链配送系统。
　　河北：在重点销区和产区再新建或改造一批农产品批发市场和农贸市场，到年底省级标准化农产品批发市场发展到100家。做好“农超对接”试点工作，推进农产品“超市+基地”供应链模式，年内“农超对接”试点企业争取达到12家。鼓励有条件的地方改造建设农村综合服务中心。