虽然合作社内部的信用合作具有较高的安全性，但是其中仍存在一些潜在的风险。资金合作不可避免地要追求规模效益，规模越大，资金的集聚效应越强。因而，资金互助合作必然存在着扩大规模的冲动。即使在农民合作社内部开展资金互助，如果脱离产业支撑，无限制增加成员人数，以超出合作社及其成员的经营收益水平承诺高额资金回报的方式，无限制吸引成员聚集资金，就会导致合作社治理成本加大，人合属性扭曲，原本成员间的熟人关系变得陌生，合作社及其成员对资金的控制力就会随之降低。同时，农业生产经营的风险也会危及到互助资金的安全。据报载，河北某地一农民合作社的成员人数高达13万，聚集资金达81亿，在这样的合作社中，普通成员参与治理的成本过大，为追求效率必然要将治理权集中化，放贷条件和程序、资金利率、资金监管等信用业务也只能是少数人说了算，信用合作的风险加大，合作社控制风险的能力也必然弱化。
　　为了提高合作社内部信用合作的安全性，防范其中可能存在的风险，需要将信用合作与生产经营合作密切联系起来，并建立完善的内部担保制度。浙江省金华市婺城区中华鳖养殖专业合作社就利用完善的内部信用合作机制解决了成员生产活动中的资金短缺问题。此类养殖业投资较大、风险较高，而新入社的成员既无资金，也缺乏养殖技术。为此，该合作社开展了内部的信用合作：合作社老成员筹资建立“资金池”，为新成员提供贷款，新成员拿到资金，开始养鳖，鳖的销售收入用于还贷款。为保证新成员养殖成功，合作社给每个新成员指定一个老成员作为技术指导员。技术指导员对新成员的借款承担连带责任，即一旦新成员养殖失败，则新成员的贷款由老成员连带偿还。由此，老成员就会努力地将养殖技术传授给新成员。在这种模式下，合作社内部的信用合作完全服务于成员的生产活动，且信用合作不仅起到了资金支持的作用，还成为一种提供优质技术服务的有效手段。
　　农民合作社应根据自身情况寻求有效的风险防范机制。总之，要确保农民合作社内部信用合作的规范发展，就应当坚持以产业为基础，以从事生产经营的成员为边界，以促进成员改善生产经营能力为目标，以完善的内部资金监管制度为保障。开展内部信用合作，必须以“管理民主、运行规范、带动力强”为前提。提高农民专业合作社的经营水平和盈利能力，通过合作社增加农民收入，增强成员的还款能力，也是降低内部信用合作风险的重要措施。