品质差、经济效益低下
　　国产食用菌品质差、效益低，是让科学家们焦虑的另一大问题。主要表现为：一是产品外观差、均匀度差；二是对具保健功效的活性物质缺乏深入研究，导致产业链很短。
　　“产品外观品质差，最为显著的是金针菇。我国自己培育的金针菇品种的子实体有深浅程度不同的‘褐根’和绒毛，整体均匀度为60%~66%，而国外品种则通体色泽一致光滑，均匀度在83%以上，导致产品在国际市场的售价相差20%~30%。究其原因，是我们品质育种缺乏科学支撑，种质资源不足，对决定食用菌子实体形态发育的遗传及调控、品质育种和产品品质形成的机理，缺乏科学认知。”中国工程院院士、吉林农业大学教授李玉告诉记者。
　　科学研究已证明，食用菌含有诸多具有生物活性的保健功能因子。但是，这一领域在我国尚未得到深度的科学研究，导致产业链较短。李玉认为，这是我国整个食用菌产业经济效益低下的重要因素。
　　张金霞告诉记者，特有生物活性物质，是食用菌的重要品质特征。这些物质的形成受种类、基质营养、环境条件等诸多因素的影响。目前我国对这种独特活性物质的基础研究甚少，对其形成的分子机理研究仅限于灵芝等药用种类，人工大量栽培的食用种类的相关研究则几乎处于空白。而日本已于10年前，研发形成了降胆固醇的高洛伐他汀平菇品种及其配套生产技术，其产品价格是普通产品的3~4倍。