单产低、育种水平落后
　　像农作物那样，从播种、管理到收获，我国食用菌人工栽培生产的历史还不到40年。近年来，食用菌营养、美味的特点，带来巨大的市场需求，刺激了产业规模快速扩张。
　　中国农科院农业资源与农业区划研究所研究员、食用菌973项目首席科学家张金霞对此忧心忡忡：“首先是单产低，主要问题是生产品种基质利用率低、产能低。根本原因在于育种水平低下，集中体现在与子实体形成密切相关的营养和遗传的分子基础不清、高产育种的可利用种质资源匮乏。”
　　张金霞告诉记者，目前我国食用菌拥有自主知识产权的品种严重缺乏。占我国总产50%以上的平菇、金针菇等大宗栽培种类，依然是“舶来品”的天下。我国食用菌单产仅是发达国家的70%左右，例如国外金针菇单产410~430g/瓶，我国仅260~330g/瓶。单产低造成了栽培基质和其他资源的大量浪费，成本增加；导致我国很多企业从品种、菌种，到添加剂、培养基都从国外进口且日趋严重。近年来，日产20吨以上的大厂，几乎无一例外要从国外购买品种使用权。