农村土地承包经营权流转，本质上是农户土地权利和利益的大调整。涉及权利关系广泛复杂，遇到困难和问题较多，概括为以下几个方面：
　　土地流转主体混乱。我国农村土地承包法明确规定，土地承包经营权流转的主体是承包方，家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户，也就是说农户有权依法自主决定土地承包经营权是否流转和流转方式。但在实践中，不仅农户可以自主决定流转，村民小组、村民委员会，甚至乡（镇）政府、县（区）政府也可决定流转，特别是在招商引资，规模经营等土地流转中，有的县乡政府不经农户授权就与外商订立土地流转协议，然后由村民委员会、村民小组通知农户。这种“强制流转”或“被流转”，剥夺了农户的参与权、协商权、监督权。
　　土地流转行为混乱。表现为农户随意流转与基层政府强制流转并存，口头流转与书面流转共生，有偿、低偿、无偿流转同在。这不仅有违依法、自愿、有偿流转原则，也有违（除代耕不超过一年的）“当事人双方应当签订书面合同”的法律规定。有的市县口头流转协议达到70%以上。有的即使有书面流转合同，也存在条款残缺不全等问题，为纠纷仲裁和诉讼的案件审理留下隐患。
　　土地流转结果混乱。按照规定，土地承包经营权流转，不得改变土地的农业用途，基本农田不得植树、挖塘养殖。不少地方土地流转后“非农非粮化”倾向明显，改变了农业用途。30%到80%的土地流转后用于种植水果、花卉，发展高效农业、设施农业，还有的用来建坟、建房、建窑、办企业或发展公益事业等。这势必突破18亿亩的耕地红线，给国家粮食安全带来巨大隐患。还有的土地流转后被“资本化”，一些农业企业或专业合作社，租赁农户承包地就等于“买断”经营权，支付租金后，收益分配一概与原承包方无关，转出后原承包农户只能以流转费的形式享受流转前的成果，享受不到流转后的新成果。农村土地承包法规定，承包方对其在承包地上投入并提高土地生产能力的，土地流转时有权获得相应的补偿，包括承包期内农户自愿交回和集体依法收回承包地的补偿权，而某农业大市99%以上没有落实。有个别乡村违规降低流转费，截留、挪用流转款，侵害了农民流转收益权。