先天不足发育乏力
　　陈光晃是江西省万载县红光中央农民专业合作社负责人，合作社拥有1600亩土地，今年准备扩大规模，但却被土地“卡住了脖子”。“当地农民对土地很依赖，挨家挨户做工作很难，土地成了‘插花田，大型机械无法应用。流转期限大多只有三五年，想搞点设施建设也不敢。”
　　在土地流转困难的同时，基础设施滞后、人才匮乏使许多合作社在成立时就面临“先天不足”的尴尬。存储、晾晒、冷藏等加、销环节配套设施不完善，让合作社经济效益大打折扣。
　　陕西省泾阳县海普粮食合作社理事长张高民算了一笔账：“合作社没有固定仓储、晾晒场地，每年因晾晒问题玉米坏粮率达到20%到30%。去年我种了800亩玉米，只收了100亩，其余都让周边养殖户低价从地里掰走了，光这一项就少收入21万元。”
　　同时，由于人才匮乏，合作社发展面临的技术、管理、营销难题日益显现。近年来，尽管各地通过“阳光工程”等加强了对新型经营主体的培训，但由于培训内容与实际需要脱节，农民参加的积极性普遍不高。重庆涪陵区石沱镇光明村大户刘忠志说，如何降低成本、如何提高合作社管理规范性、如何有效与市场对接，这些最迫切解决的难题却是培训的“空白”。
　　记者了解到，当前合作社运营中普遍存在四大问题，一是多数合作社仍不能与成员建立紧密的利益联结机制，缺乏完善的二次分配机制，违背了合作社“风险共担、利益共享”的设计初衷；二是企业办合作社现象普遍存在，涉农公司经理兼任合作社理事长，名为合作社实为股份制或个人企业，社员权益无法得到保障；三是产权不明，管理失范。多数合作社没有建立账目、没有财务决算，成员的注资额、交易量、公基金份额都无法核算，社长“一言堂”情况突出；四是融资不畅。记者调研途中几乎每到一地都会听到合作社“融资难”的抱怨，尽管近年来国家不断出台金融支农政策，但由于缺乏有效抵押物，金融机构出于风险控制考虑，并不愿将资金贷给合作社。
　　金尧介绍说，上海市进行审计时发现，有的合作社无抵押贷款被挪用到合作社背后的公司使用；给一些项目提供的运输工具、冷库改造等优惠政策，被少数人控制获益。“上海出台扶持政策时，没有强调财务健全、成员账户健全、收益分配制度健全等，政府的钱没有发挥作用。”