三是经营管理人才匮乏，过度依赖政府或龙头企业。农民专业合作组织领头人既要在群众中有一定威信，有经济头脑，还要能够在为群众提供服务的同时，提高农民专业合作组织经营效益，但现实状况是大多数的农民带头人综合素质不高，适应市场经济的意识和能力不强，懂技术会管理、市场开拓能力强的复合型人才更缺乏，更谈不上运用现代管理技术进行策划管理，很大程度上制约了农民专业合作组织的创新和发展。因此，农民专业合作组织过度依赖政府或龙头企业：一是部分农民专业合作组织主要依靠政府发动与支持、靠龙头企业带动，对政府部门和企业的依赖性强。一旦失去政府支持或企业订单，合作组织就面临解散的危险。二是一些政府机构在涉农经营中尝到了甜头，直接插手农民专业合作组织的经营，以政府干预代替市场经营，通过垄断形成利润，侵占了农民的利益。三是政府的帮助过多，过于具体，甚至经营项目直接由政府规定，给予农民行使权利的机会过少，农民专业合作组织自身良性运作的动力机制难以形成。四是行政介入使农民专业合作组织产权不清，性质发生改变，组织机构不规范，法律责任也不明确。
    四是财务制度不健全，财会人员素质普遍偏低。虽然农业部已出台了农民专业合作组织财务会计制度，但具体执行过程中一些农民专业合作组织连最基本的股权登记制度都没有，不发给社员股票权证，社员的利益从形式上得不到保障。大部分农民专业合作组织没有建立财务制度和规范的会计账簿，外来的原始凭证和自制的原始凭证过于简单，没有完整的会计资料。甚至有的农民专业合作组织存在伪造原始凭证现象，使得会计信息反映滞后、虚假。在会计核算方面，绝大多数农民专业合作组织不能结合自身业务的特殊性设置内部科目，不能准确恰当地反映农民专业合作组织的经营状况，根本没有内部控制、监督机制，无法起到会计应有的核算和监督作用。同时，现阶段由于农民专业合作组织业务相对较少、收入有限，为了降低成本，财务人员多为兼职，兼职的财会人员也大多来自社员，他们基本没有受过系统的专业培训，不懂会计核算，不懂基本的财经政策法规。此外，由于会计人员更换频繁，财务移交不及时，手续不规范，为以后的会计审计工作带来很大麻烦。
    五是团体社员垄断经营管理权现象严重，农户丧失经营决策权。目前，农民专业合作组织虽然也建立了社员大会、理事会、监事会的三方治理结构，但在一些农民专业合作组织中专业大户、供销社和龙头企业拥有产能、技术、资金、管理和信息控制优势，往往也是农民专业合作组织最大的投资者，农民专业合作组织的发展离不开他们的资金、技术、信息、经营管理能力，因此，决策控制权掌握在他们手中。此外，投入资金后，还必须进行前期市场考察、资本投资的风险与收益评估、生产成本控制与资金分配、组织机构的设置和人员分配、产品销售协议的谈判与签订、与政府部门和各方的联系协调，等等这些资本的运作与组织协调能力，也是普通社员所不具备的，只有那些专业大户、供销社和龙头企业才拥有这样的能力，因此，大多数普通农户社员为了换取市场进入收益，自愿放弃了对农民专业合作组织的部分剩余控制权。
　　加快发展我国农村合作组织的对策建议
    一是统一思想，强化对加快发展农村合作组织的战略认识。国外已有的实践表明，农村合作组织是适应农业生产发展需要而产生的，是农村社会生产力发展到一定阶段的必然产物。随着我国农业产业化进程的加快，越来越多的生产经营活动单靠分散经营的农民已远远不够，客观上需要越来越多的合作组织。也就是说，进一步加快农村合作组织建设，不仅是农民的迫切需求，也是农业产业化的客观需要。因此，政府决策层首先要统一思想，强化对加快发展农村合作组织的战略认识，支持和鼓励农民积极参与农村合作组织建设中来，提高我国农民组织化程度。
    二是突出特色，循序渐进，推进农民专业合作组织稳步发展。我国从上个世纪50年代开始推行的农村合作化和人民公社运动的最大教训之一就是脱离当时生产力发展水平，急躁冒进。在当前市场经济下发展农村合作组织，更要坚持从实际出发，因地制宜，循序渐进，不仅合作组织的组织形式，而且发展速度和发展规模等都要和农村社会生产力水平、经济发展程度、市场需要以及合作组织的现有经济实力、组织制度、组织领导能力等实际情况相适应。在我国农村合作组织发育发展阶段，不必强求统一或简单照搬国际经验，坚持边发展、边引导、边规范。鼓励各类不同主体自愿联合，多途径、多形式、多层次兴办农村合作组织。
    三是必须坚持合作经济的基本原则，充分尊重农民的意愿和选择。农村合作组织是市场经济发展的产物，是农民为改变自己在市场竞争中的不利地位而自发结成的自动性组织，其职能主要是解决农民生产经营中遇到的困难，保护农民的利益。农村合作组织有不同的形式，但不管是什么样的合作组织都是建立在农民自愿的原则上，始终以农民为主体，坚持“民办、民管、民受益”原则，使合作组织真正成为农民社员所有、社员所控并为社员服务的农民自助组织。
    四是建立专业合作组织培训学院是值得探索的途径。比如，2009年6月，陕西省农业厅正式启动农民专业合作社示范县建设工程，工程在全省10个地级市各选一个县再加杨陵区共11个县（区）进行示范县建设，要求每个示范县最少抓10个示范合作社，并设立陕西省农民专业合作社培训学院。又如，青岛农业大学开办了二级学院——合作社学院，定位很明确，合作社教学、合作社培训、合作社科研与合作社国际合作交流相统一。应该说，针对合作组织开展培训，包括组织管理、财务管理、市场管理、种（养）技术等，是一条比较务实的道路。
    五是政府对农村合作组织要给予必要的支持。发达国家的实践证明，农村合作组织健康顺利发展离不开政府的鼓励和支持。目前中国农村合作组织在各地蓬勃兴起，各种形式的合作组织还不完善、不健全，在发展过程中具有很大的盲目性和局限性，在这种时候，政府的支持和引导尤为重要，支持效果也是最好的。首先，要加紧修改完善专业合作社法，及时总结农民合作社在发展过程中出现的新问题以及与现有农民合作社法相冲突的条例条款，根据需要对农民合作社法作出适当调整，满足不同区域的农民合作社发展需要。其次，加大政府对农村合作组织的财政、税收、信贷支持力度。同时，财政每年要安排一定额度，建立农业合作发展基金，用于新型农村合作组织建设，支持符合产业政策的合作组织的生产发展、技术推广、贷款贴息、教育培训等。