准入门槛低，科研投入机制失衡，是阻碍种业企业做大做强的两大原因。
　　2000年《种子法》颁布后，种子企业的设立由国家行政特许改为依法设立，门槛大大降低，各路资本蜂拥而入。当前，国家在杂交水稻方面的科研经费绝大部分投向了国有科研院所，而对企业投入很少。不仅如此，用公共资金进行研发的育种专家对于自己培育的新品种拥有完全处置权。于是就产生这样一个怪现象：有关系的企业或个人找到育种专家，承诺让后者以技术入股，双方共同运作其研发的杂交水稻新品种，用极低成本获得新品种后，以项目向银行贷款，进行大面积育种，最后低价将种子卖给企业。很多小企业往往是临时租赁储藏仓库和办公场所来运作某个品种，这种接近零进入和零推出成本的模式，让大公司无所适从，难以竞争。
　　针对这种情况，首先要提高种子企业设立门槛，这是规范种业市场无序竞争乱局的基础。建议国家在审批新的杂交水稻种子企业时，要着重考察其是否有自主研发创新机构、自由仓储条件和自主产权品种，否则不予发放生产许可证。
　　国外经验显示，企业是实施创新和推广良种的主体。国家投入应该从商品化育种领域转向农业基础性研发领域，并支持和鼓励企业主导商品化育种。科研院所研发的杂交水稻新品种是利用国家资金获得的，作为配套，应同时建立合理的新育品种成果管理和使用机制，国家可以考虑建立种子新品种拍卖制度，尝试将新品种面向全社会公开拍卖，由有实力的企业对其进行推广。