目前我国育种资源相对集中在国有科研单位，但比较分散，没有形成拳头，种子企业依靠从科研单位取得育成品种进行开发，企业发展缺乏稳定的技术支撑。产业发展主体与产业技术创新主体的不统一势必造成企业缺乏可持续的发展能力，“育”与“繁、推”脱节的种子产业关联结构也缺乏市场效率。适应种业市场化发展和国际化发展的要求，必须加快建立以企业为主体的种业科技创新模式。
　　一是要推动存量科研资源的市场化，加快科研资源向企业的流动和农业科技成果向企业的转移。目前作为产业主体的种子企业发展主要受限于自主技术创新能力不足，产业整合中科研与经营资源的纵向重组并购应优先考虑和解决。要加快推进科研单位基础研究、商业育种研究的分立，推进产学研联合重组，引导企业与科研单位建立长效合作机制。
　　二是优化增量科研资源配置。强化市场机制在配置商业育种资源中的作用，鼓励和引导社会资金投资商业育种研究领域，同时政府应调整投资结构，重点投资基础研究。生物育种已确定为国家战略性新兴产业，政府要鼓励企业更早、更多地参与项目研发工作，避免产生新的技术差距。
　　三是发挥政府在培育企业自主创新能力方面的引导作用，重点扶持那些销售收入达到一定规模、科研基础条件较好、科研投入较高的龙头种子企业，依托企业建设一批企业技术中心、重点实验室等科研创新平台，引导和带动种子企业增加科研投入。
　　四是推动横向并购重组，优化产业主体结构，提高龙头种子企业科研投资能力。政府可通过制定鼓励政策引导企业进行联合重组，提高产业聚集度和企业规模化经营水平，同时可适当提高行业准入“门槛”，淘汰一批“弱、小”企业，通过提高龙头企业的经营能力，增强企业科研投资能力。
　　五是鼓励企业提高加工装备、技术水平，支持种子企业完善质量保障体系建设。万向集团2003年从事农作物的品种选育和开发，目前已在我国优势制种区建成农作物种子生产基地20万亩，在制种基地建成烘干、脱粒、精选、包衣、包装等现代化成套生产线9条。近几年我们在玉米制种基地连续开展果穗烘干线建设，降低自然晾晒过程中特殊气候条件对种子质量的影响，进一步提高良种生产能力。
　　六是引导种子企业加大科研投资。未来我国种子企业竞争将逐步转移到自主研发能力上。我们始终把品种研发作为企业核心竞争力进行培育，持续投入。目前已在全国不同生态区域建立8个育种研究中心、7个综合试验站，构建起规模化、程序化、信息化的育种体系，并已有一批自主选育的品种通过国家、省级审定，同时我们还通过引进外籍科研人才、海外留学人才、育种博士，不断地提高智力资源对公司科研发展战略的支撑。