细菌在池塘中数量相当庞大，一般未施肥鱼池的细菌数量有200万～600万个/毫升，生物量2～6毫克/升，而施肥鱼池的细菌数达到500万～2000万个/毫升，生物量达到5～25毫克/升。

    腐屑在高产鱼塘中含量也相当高。据测定，腐屑的量约占悬浮物干重的60%～84%。尽管腐屑的营养价值不高，但其上附生的细菌、藻类、原生动物和轮虫即构成鱼类和水生动物的重要饵料之一。

    鱼池中细菌绝大部分是有益的，它们不仅是主要的分解者和天然饵料，而且其中如硝化菌、光合菌、枯草芽孢杆菌、固氮菌、乳酸菌和酵母菌等，还能将水中和池底有害物质转化为无害物质或转化为营养盐类；有的在弱光下制造氧气。目前生物菌肥(光合细菌、枯草芽孢杆菌等)正在应用和扩大应用到渔业生产中。

    细菌的另一方面是其害。有相当一部分细菌会引起鱼病，如引起鱼类的肠炎病、烂鳃病、赤皮病、白皮病、白头白嘴病、腐皮病和暴发病等。在缺氧条件下，反硝化菌引起铵盐脱氮，硫酸盐还原菌使含硫化合物产生有害气体硫化氢，厌氧腐生菌使有机质产生有害气体甲烷等。