由于茬口安排，百合的采收期与播种期时间不一致，留种的百合采挖后要保存30～50天方能播种。为防止百合在储藏过程中受病虫危害、霉烂变质，应注意以下几点。
        适期采收 在处暑前后选晴天采收。捡球装筐时去掉茎秆，除净泥土，剪去须根，分级装筐，并及时遮光，运回室内，不要在田间日晒。
        选留种球 选择母鳞茎肥大、整齐度一致、色泽洁白、抱合紧密、根系健壮、顶平而圆、苞口完好、无病无虫伤、无异味、无烂片、根多且粗壮、分囊清楚（每个种球有三四个子鳞茎）的种球作种，无根种球不宜留种。
       药剂处理 用500倍的百菌清和1500倍的三氯杀螨醇乳油浸种20～30分钟，晾干后保存。储藏地要求干燥、通气、荫蔽、遮光。选择空旷的房间，用0.3%的甲醛和高锰酸钾熏蒸消毒。
      堆藏 切勿将种球放在水泥地面上。在地上铺一层7厘米厚的清洁壤土（手捏成团，手松落地即散）或干细河沙后逐层堆放百合，一般可堆三四层。第一层根朝下，排列整齐，盖一层厚约4厘米的土或沙，上面再放一层百合，根系朝上，再盖一层土或沙，以此类推，盖土或沙厚度以不露百合为宜，四周用土或沙封严，可储藏到第二年春天。在储藏室挂置干湿温度计，控温控湿。20～30天检查一次，不宜过多翻动，及时清除坏死腐烂的种球。