夏秋季是板蓝根病害的多发时期，如果不及时加以防治，将会严重影响板蓝根的产量和质量。
    霜霉病  该病主要危害叶部。植株从近地面的叶片先发病，逐渐向上蔓延。发病初期仅叶背出现灰白色霜霉状物，叶片无明显病斑，被害部分凹凸不平，进一步发展则成绿色小圆斑，以后变为褐色枯斑，严重时褐色枯斑连成大斑，病叶边缘变褐干枯，直至整个叶片干枯死亡。田间湿度大、温度高时易发病。防治方法：（１）大雨过后及时开沟排水，保持畦沟流畅；（２）及时摘除过密枝叶，保持田间通风透光；（３）发病初期用１?押１?押１００的波尔多液或５０％多菌灵８００倍液喷洒叶面，７天一次，连喷３～４次。
    根腐病  该病主要危害根部。发生时须根和主根根尖先受害，呈黑褐色，然后根系维管束呈褐色病变，后期整个根部腐烂，地上部植株萎蔫，最后逐渐枯死。板蓝根生长中后期易发病。防治方法：（１）中耕追肥时多施腐熟有机肥，增强植株抗病力；（２）发病初期用５％石灰乳浇灌病穴，并用５０％退菌特６００倍液喷洒病区１～２次；（３）及时拔除病株，拿出田外集中烧毁或深埋。
    菌核病  该病主要危害茎、叶。叶受害时初为水浸状青褐色病斑，后全叶腐烂，仅留叶脉。茎受害时皮层腐烂，茎秆破裂成乱麻状，布满菌丝，茎内外及叶片有黑色鼠粪状菌核，以茎基部近土表处菌核最多，后期全株枯萎变黄死亡。重茬地、干旱地易发病。防治方法：（１）实行轮作，减少病菌传播；（２）天气干旱时于早晨或傍晚及时浇灌；（３）发病初期用５０％甲基托布津８００倍液或６５％代森锌６００倍液喷洒茎叶，５天一次，连喷３～４次。