菜豆根腐病是保护地菜豆春季常发性病害，重茬连作田发病重，发病田一般减产３０％，严重的减产８０％以上，应采取措施全面防治。
    实行轮作，配方施肥  菜豆不宜连作，也不宜与其他豆科蔬菜重茬，可与十字花科及葱蒜类等非豆科蔬菜实行３年以上轮作。施足基肥，培肥地力，一般每亩施圈肥５０００公斤、磷酸二氢钾５０公斤、碳酸氢铵２０公斤、硫酸钾２０公斤。
    适期播种，加强管理  早春保护地栽培在２月底至３月初播种，能减轻根腐病发生。生长期合理运筹肥水，不能大水漫灌，浇水后及时划锄、灭草、培土，以促进发根。
    药剂防治  翻地前撒药土与生长期用药灌根结合，控制病害发生。翻地前，每亩用５０％多菌灵可湿性粉剂１．５公斤与３公斤细土混合撒施。菜豆苗２～３叶期和７～８叶期，分别用７０％甲基托布津或５０％多菌灵可湿性粉剂５００倍液灌根，每穴灌药液５００毫升。
    防治地下害虫  地下害虫发生严重的田块菜豆根腐病发生较重，应注意防治地下害虫。播前每亩用５％辛硫磷颗粒剂１．５公斤与３公斤细土混合后撒入播种沟（穴）内，播后覆土。豆苗３～４叶期，用８０％敌百虫可湿性粉剂１０００倍液灌根，或取１００份麦麸炒香，另取３份８０％敌百虫加水３０倍，混匀制成毒饵撒施诱杀害虫。