习惯上，我们将农民、农村和农业问题称为中国的“三农”问题。世纪之交，李昌平的“农民真苦、农村真穷、农业真危险”成为那个时期针对“三农”问题最有力的呐喊。由此，“三农”问题研究遂成一门显学。随着中国工业化和城市化进程的稳步推进，以2006年国家全面取消农业税为标志，“三农”问题发生了转换。
    一、农民负担问题变成农民移居问题
    曹锦清指出，近代以来由于西方列强的入侵，我们进入了西方设定的现代化进程之中。对于我们这样后发内生型的农业国家而言，只能在国内提取农业剩余支撑国家的工业化建设。因此现代化建设的成本落到广大农民头上，沉淀为繁重的农民负担。1990年代，由于国家的赶超战略及各种追求现代化的任务升级，农民又成为利益的受损者。不断加重的负担使农民难以承受。2006年，国家全面取消了农业税费，并对种粮的农民实行政策补贴，困扰中国已久的农民负担沉疴宣告终结。工业化和城市化的快速发展，横亘在城乡之间的户籍制度的松动，为农民的自由流动提供了机会和可能，大量的农民涌入城市务工，他们的生活得到一定的改善。但这些进城的农民工大多无法享受到城市的住房、教育、医疗、社会保障、社会救助和社区服务，他们处于暂时的流动状态。于是，如何安放这些流动的农民工成为当下我们必须直面的问题。作为回应，学界提出农民工市民化的议题，但农民工究竟在何处市民化以及如何市民化尚在讨论之中。更为重要的是，对数量庞大的农民来说，我们何以可能走出一条迥异于西方的城市化道路？
    二、农村贫困问题变成村庄转型问题
    新中国成立后的一段时期内，尚处于现代化征途的中国需要从农村汲取资源支持国家的现代化建设。1980年代，国家率先在农村进行市场经济改革，人民公社体制的瓦解将原本由集体或国家承担的公共事务和公益事业转移给农村社会。农村因资源的过度汲取和公共服务成本的骤升而陷入贫困。“工业反哺农业，城市支持乡村”时代的来临，一定程度上缓解了农村的贫困窘境，国家不断加大对农村的财政转移支付力度可能激发农村社会的内在活力。但因农村大量青壮年劳动力向城市非农领域转移，农村走向“空心化”和“过疏化”的命运似乎变得不可避免。当前，大规模的村庄拆并和农民集体“被上楼”正是各地地方政府力图扭转农村走向颓势的一种努力，只不过这种努力更多地受制于土地财政的逻辑支配。有学者估算，即使到2020年，中国的城市化率达到70%，仍将有5亿农民滞留在农村。传统的村庄作为农民的生活共同体，曾融农民的生产和生活于一体。如今，随着农民家庭收入重心向城市的工商业领域转移，村庄的生产功能逐渐被弱化。然而，在农民工的市民化还面临制度门槛和福利歧视的现实情况下，村庄作为一种社区存在，其未来的生活功能将进一步强化，村庄依然是农民从城市退守乡土的重要据点。因此，面对乡村社会的“空心化”和“过疏化”，如何在空间和结构上促成传统村庄的现代转型是需要深入研究的问题。