(三)现有政策和法律及不同法律之间的协调配套
　　改革创新无疑要符合现有的政策、法律、法规，但政策、法律、法规总是滞后的。同时，国家的各项政策之间存在不一致的情况，政策与法律之间、各类法律之间也存在不一致的情况。调查发现，上述情况阻碍了农村改革试验的顺利推进。
　　以农村集体产权制度改革为例，法律的滞后已经成为农村集体产权制度改革的重要障碍。
　　例如，十八届三中全会(决定)提出:“稳定农村土地承包关系并保持长久不变”！土地承包关系的长久不变是否等同于土地承包经营权的长久不变？成都在开展城乡统筹试验时，提出对农村集体土地等资源资产要向作为农村集体经济组织成员的农民确实权、颁铁证。关于征地补偿款，成都政府采取“征谁补谁”政策。但是在分配征地补偿收入时，存在农户土地确权证失效问题，一些农民依据现有法律要求在集体经济组织内部全体成员中平分补偿款，利益诉求得以实现。北京市政府也规定，“当遇到国家建设征地时，无论是农户承包地、村民宅基地、集体建设用地等土地补偿款，均应当按照征地方案确定时的集体经济组织成员平均分配或者平均量化”。这种情况实际上折射出的是法律之间的矛盾以及法律与政策之间的矛盾%(物权法)第五十九条规定:农民集体所有的不动产和动产，属于本集体成员集体所有；(农村土地承包法)的第五条也规定了成员的权利。上述法律规定涉及的是农民对农地的成员权，其中隐含的是！天赋地权“的思想，是一种个人权利，随着成员的离开或去世，这种权利就消亡。十七届三中全会(决定)提出:“赋予农民更加充分而有保障的土地承包经营权，现有土地承包关系要保持稳定并长久不变”！(农村土地承包法)的第二十六条规定:“承包期内，发包方不得收回承包地！”第二十七条规定:“承包期内，发包方不得调整承包地！”第三十二条规定:“通过家庭承包取得的土地承包经营权可以依法采取转包租、互换、转让或者其他方式流转！“上述法律规定涉及的是农民对农地的用益物权，其中隐含的是、生不增、死不减”的财产权利原则。在实践中个人权利与财产权利必然会出现冲突，两种权利的诉求都可以找到法律依据。
　　又如，农村集体产权制度改革中保障妇女尤其是出嫁女的权益，也存在法律之间的矛盾、冲突现象。2005年新修订的(妇女权益保障法)第三十二条规定，妇女在农村承包地经营、集体经济组织收益分配、土地征用或征用补偿费使用及宅基地使用等方面，享有与男子平等的权利；第三十三条规定，任何组织和个人不得以妇女未婚、结婚、离婚、丧偶等为由，侵害妇女在农村集体经济组织中的各项权利。但是我国的(村民委员会自治法)规定实行村民自决，在村庄的事务决定上超过三分之二的村民同意就可以通过。虽然(村民委员会自治法)第二十条规定，村民自治章程、村规民约及村民会议或村代表讨论决定的事项不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容，但却没有规定如何对村民制定的自治章程、村规民约进行审查，如何对村规民约中违反法律的规定进行纠正。这种情况导致许多地方的村民以国家实行村民自治为理由，不理会男女平等的基本国策及(妇女权益保障法)的规定，剥夺“出嫁女”的合法权益。
　　(四)统一指导与地方为主的关系
　　注重“三性”的改革方法要求在农村改革试验工作中处理好中央与地方的关系。为了调动地方的积极性，农村改革试验区采取了“统一指导”地方为主的实施办法。但是，一些地方的主要领导和工作思路存在稳定性"连续性差的问题。在一些地方出现改革试验随主要领导及其工作思路变化，难以正常进行的情形。评估发现，有的地方干脆放弃了某些原来设定的试验主题和试验内容。例如，新乡试验区的试验内容为四项:城镇化与新农村建设协调发展、粮食安全与土地集约节约利用、农村产权制度改革、城乡一体的社会管理体制。但是，在试验开始后，河南省及新乡市都强力推动新型农村社区建设，把新型农村社区建设作为统筹城乡发展的切入点、城乡一体化的结合点。在这种情况下，新乡试验区的改革试验围绕着如何建立新型农村社区来展开。还有的地方采取选择性、应付性改革试验，即在其辖区范围内再搞“试点”，而试点的范围则很小，甚至仅仅局限于某一个行政村。