(二)改革的直接效果与整体效果及潜在影响的关系
　　任何改革举措的效果及影响都是多方面的。按照“三性”改革方法，不仅应重视改革的直接效果，还应该高度重视改革的长远效果与潜在影响。但有的农村改革试验区对改革整体效果与影响的重视程度不足，结果就出现了前文所说的“新产生的问题可能比解决了的问题还多”的局面。
　　以河南省新乡市城乡一体化制度建设试验为例，该市把新型农村社区建设作为统筹城乡发展的结合点、推进城乡一体化的切入点、促进农村发展的增长点，按照“分类指导、群众自愿、产业为基、就业为本、生计为先、量力而行”的原则，将全市3571个行政村规划整合为900个社区。截至2014年年底，全市已累计启动352个新型农村社区建设，完成各类资金投入389.6亿元，完成建房)3919.6万平方米，入住农户14.2万户。调查发现，新乡市的探索已经产生了诸多积极效果，如农村土地资源的节约、约利用程度更高了，农民的居住和生活条件在较短的时间内有了明显提升，政府公共资源投入效率提高了，等等。但是，这种探索也引发一系列值得重视的连带、连锁效应。
　　1、农村可持续发展能力弱化。村庄合并后，由于农村土地转为建设用地进行开发利用，使农地发展权削弱了。在通过土地增减挂钩及“人地挂钩”的村庄整治中，腾出的建设用地需要复耕，有的还要被划为永久性的基本农田，集体和农民失去了发展非农产业的空间。即使在那些不通过土地增减挂钩的村庄整治中，其腾出的建设用地大都被企业用于开发，开发的形式包括建房出售、使用节余的建设用地指标发展非农产业等等，集体和农民仍然没有发展非农产业的空间。
　　2、农民生计安全受到威胁#村庄合并使得农民传统的生计模式瓦解了。其一，村庄合并往往伴随着土地向新型农业经营主体的流转，土地给予农民就业和养老的兜底保障功能进一步弱化了。其二，农民的后代将不再享有无偿使用的宅基地。其三，农民的生活方式商品化，生活成本提高了。其四，农民的生活环境不再是熟人社会，村民之间互助共济机制减弱了。
　　3、对粮食安全形成潜在威胁。新乡市是国家商品粮基地、优质小麦生产基地和河南省粮畜产品生产加工基地。创新粮食安全、耕地保护与土地集约节约利用机制，是新乡试验区的重要试验内容。在实际操作层面，新乡市试图通过加强高标准粮田建设和创新农业经营机制来保障耕地的产出率；通过土地综合整治和探索人地挂钩政策，解决农业与工业和城镇的用地矛盾，从而保证耕地数量。但是，这种逻辑合理的改革思路在实践中遇到了挑战。不管是城乡建设用地“增减挂钩”、土地综合整治，还是“人地挂钩”，都要求一个村庄内的绝大多数乃至所有农户在较短时间内完成拆旧建新，以便通过旧村复垦来保证耕地数量有增加和城市建设用地指标的增加。但是，村庄整治中普遍、始终存在农民拆旧建新意愿的差异性。家庭的经济状况、人口数量与结构、从业性质和从业地点、旧房质量、面积及区位等方面的差异，都会影响到农民参与拆旧建新的意愿。如果一些农民不愿意拆旧建新，旧村庄就难以复垦，耕地数量就不但不会增加反而面临着减少的风险，而且集中居住加速了农民承包地向公司和生产大户的流转，而农村土地流转后的种植结构呈现非农化和非粮化现象，粮食安全的风险进一步凸显。